人们通常所说的“功能性核磁共振成像”就是特指这种方式的成像。（2）微观水活动性成像，可用以提供由于血管疾病导致脑组织坏死过程的时态信息。（3）微血管血液动力学成像，用于显示脑血管病理学状态。
磁共振脑功能成像，特别是任务态fMRI，是探测大脑神经活动的精密工具。它基于血氧水平依赖（BOLD）机制，聚焦于在执行特定任务时的大脑活动，而非静息状态。这项技术并非新发明，自90年代起就逐渐发展，如今在认知科学和神经医学领域广泛应用。
fMRI是“功能性磁共振成像”的意思。功能磁共振成像具有无创性，兼具较好的时间分辨率和空间分辨率的特点，既可以检测脑局部活动进行精准定位，也可以揭示复杂的脑网络系统。在fMRI扫描期间，你可能被要求执行一项任务，这些任务会激活你的大脑，成像对比 fMRI可以测量你的任务态（task）的大脑活动。
fMRI的独特之处还在于其实时跟踪能力，能够捕捉瞬间的思维活动或实验信号变化，时间分辨率高达1秒。医学领域对fMRI的需求推动了其技术发展，如利用扩散成像和灌注成像技术进行大脑缺血诊断等。FMRI的原理基于MRI信号，主要来自组织液中的质子，信号强度受质子密度和周围环境影响。
磁共振脑功能成像（fMRI）是通过刺激特定感官，引起大脑皮层相应部位的神经活动（功能区激活），并通过磁共振图像来显示的一种研究方法。
1、Freesurfer是一个用于脑影像分析的开源软件工具包。它主要用于处理和解析磁共振成像数据，以评估大脑结构和功能。Freesurfer提供了自动化和半自动化的工具，用于从MRI扫描中提取定量和定性的信息，如脑区的体积、皮层厚度、表面形态等。该工具包广泛应用于认知神经科学、精神病学、神经退行性疾病等领域的研究。
2、freesurfer是一个处理大脑3D结构像数据，进行自动皮层和皮下核团分割的工具，用起来非常方便。需要在linux系统下安装，如果是windows可以考虑安装一个虚拟机再装freesurfer。
3、另外，可以使用光学仪器进行扫描，然后通过三维重建和表面展平软件进行分析。目前，Freesurfer软件已被用于大脑皮层面积的分析。 对于成人来说，还有一种简单的方法是通过身高和体重计算，即身高 + 体重 - 60/100。
4、精确测量特定人体的体表面积有几种方法：纸膜法，但临床应用较为复杂；使用光学仪器进行扫描后，通过三维重建和表面展平软件进行分析。目前，Freesurfer软件已用于大脑皮层面积的展平分析，但没有查阅相关文献，不确定是否有其他软件适用于此目的。
5、去看fswiki 吧，虽然没有目录不太方便，很多内容藏的比较深，但是真的很全很细的。
6、使用FreeSurfer软件将MRI影像分割为皮层和皮下，灰质，白质和感兴趣区域，ROI用于PET参数的区域估计。 部分体积校正 基于FreeSurfer定义的ROI对PET数据使用区域扩散函数法进行基于MR的部分体积校正。
持续波法（CW）：最常用的测量方法，依赖于恒定强度的近红外光源。 时间分辨法（TR）：利用脉冲光源测量光子在组织中的时间分布，获取光学特性。 频率调制法（FD）：通过调制光源频率分析光在组织中的相位和振幅变化。
相比于fMRI，fNIRS克服了运动伪迹敏感、电磁干扰以及成像环境受限的问题，特别适合儿童和在自然情境下的研究。其工作原理是利用近红外光穿透大脑皮层，通过安置在头颅表面的发射和吸收探头测量血红蛋白（HbOHb、tHb、Cytox、CBF、CBV、TOI、ISO）等指标的变化，形成动态图像反映脑功能状态。
fNIRS的应用与经典的脑成像技术如fMRI、EEG/MEG及PET形成了鲜明的对比。在时间分辨率上，fNIRS以惊人的1000Hz超越了PET和fMRI的较慢反应。在空间分辨率上，fMRI和PET能深入脑部，而fNIRS、EEG/MEG则更为聚焦于大脑皮层的浅层活动。
fNIRS利用固定波长的光穿透头皮和颅骨，通过接收端检测光密度变化，从而捕捉神经血管耦合现象，揭示大脑血流与神经元活动的关系。与fMRI、EEG/MEG和PET等技术相比，fNIRS具有较高的时间和空间分辨率，且操作简便，适合在自然环境下进行。